Het kan zijn dat door installaties van applicaties van andere fabrikanten, er conflicten worden veroorzaakt. Dit kan bijvoorbeeld zijn dat door een installatie een oudere *.dll file wordt neergezet dan de file die reeds aanwezig is. Om problemen door bestandsconflicten of beschadigingen te voorkomen, beschikt Windows 2000 over WFP. Dit is een controleservice die alle belangrijke systeembestanden in de gaten houdt. Is zo een bestand gewijzigd of verwijderd, dan wordt dit automatisch uit de cache hersteld. Het kan echter ook zo zijn dat er een onzichtbaar probleem is met een systeembestand b.v. een gegevens fout. Hiervoor heeft Microsoft System File Checker gemaakt. Hiermee kan je alle beveiligde bestanden scannen, en alle verdachte files worden vanuit de cache teruggezet. Hoe u dit alles uitvoert staat hier onder beschreven: