Windows 98 ondersteunt rechtstreekse uitvoering van scripts vanuit de gebruikersinterface of via de opdrachtregel (een script is eenvoudigweg een serie opdrachten die automatisch kunnen worden uitgevoerd). Deze ondersteuning wordt geleverd via de Windows Scripting Host (WSH) en bespaart systeembeheerders en/of gebruikers tijd door automatisch vele handelingen voor de gebruiker uit te voeren, zoals een snelkoppeling maken, verbinding maken met een netwerkserver, de verbinding met een netwerkserver verbreken, enz. De WSH is uiterst flexibel met de ingebouwde ondersteuning voor Visual Basic scripts, Java scripts, en een taal onafhankelijke architectuur waardoor andere softwarebedrijven ActiveX scripting engines kunnen maken voor talen als Perl, TCL, REXX en Python.