Versieconflictbeheer stelt vast of er versieconflicten zijn met geïnstalleerde programma's. Windows 98 installeert vervolgens de Windows-versie van het stuurprogramma. Op deze manier zorgt Windows 98 dat het systeem zo goed mogelijk compatibel is. Versieconflictbeheer slaat ook alle bestanden op en heeft een eenvoudige gebruikersinterface waarmee de gebruiker zo nodig van stuurprogramma kan veranderen.